НДС при аренде муниципального имущества

Здравствуйте!
Помогите разобраться, пожалуйста.
Бюджетное учреждение сдает в аренду помещение. Имеется освобождение от НДС по 145 статье. По договору  аренды НДС нет. То есть арендатор нам перечисляет на лицевой счет только сумму арендной платы. По другому учреждению тоже есть освобождение от НДС по 145 статье. Но в договоре аренды указана арендная плата и сумма НДС и нам перечисляют сумму аренды, сумму НДС (ее потом перечисляем в бюджет). В каком случае правильно? Надо ли во втором случае делать доп.соглашение к договору чтобы было без НДС?
Спасибо заранее